有鑑於民國89年間發生廢液非法傾倒污染事件，環保署遂於91年宣布為「河川污染整治年」，並於93年設立北區水環境保育中心，本局於94年起，配合環保署政策推動成立水環境巡守隊，協助推動水環境改善、環境水污染查察及水環境保護教育推廣，截至113年11月止新北市水環境巡守隊共計有29隊，共864人。

本市29隊水環境巡守隊，分佈於新北市29個行政區中的18個行政區，其中樹林區成立四隊巡守隊及淡水區成立三隊巡守隊，為本市水環境巡守隊最密集的行政區；汐止、五股、三重、土城、中和等5個行政區，則各有二隊水環境巡守隊；而新店、林口、萬里、永和等10個行政區，也有一隊水環境巡守隊。

本市29隊水環境巡守隊在多年的經營輔導及運作發展下，依各隊的所在巡守水環境的區位與水環境特色發展，各隊都有其功能及特色，如依各隊功能性分類，可將本市29隊水環境巡守隊分為巡檢、港區、環境教育、綜合等四大類。

各流域區域團體以1隊為限，10人以上，檢具「水環境巡守隊水環境認養計畫」其中包含設置目的、認養巡檢河段、組織成員、運作規劃等資料，經本局審核核備後始得成立。