生活污水及事業廢水直接排入河川，且垃圾場幾乎集中在大漢溪、新店溪兩岸，垃圾的悶燒及臭氣讓淡水河成了一條垃圾之河

本局成立於民國77年9月1日，為了改善垃圾分類問題，推動資源回收，自荷蘭進口「外星寶寶」資源回收桶，從源管制垃圾進入河川，另亦建立事業廢水相關管制機制。

執行大漢溪沿岸垃圾移除作業，並啟用新店垃圾焚化廠、樹林垃圾焚化廠及八里垃圾掩埋場。 自86年起接續推動污水下水道興建，提升轄內接管率。

96年本市為全戰第1個與地檢署合作全面取締違規砂石場，淡水河水質大幅改善，其中，大漢溪浮洲橋的懸浮固體濃度，由24,600mg/L降至22mg/L。 興建河岸高灘地，建置人工溼地，把家庭污水在流入大漢溪之前，先導入溼地，利用自然植物、微生物分解、吸收，淨化的乾淨水再放回河川。 後續陸續建置人工溼地、礫間處理設施及污水截流站，將家庭污水截流至八里污水廠處理，減少生活污水對淡水河之影響，淡水河30年來水質最好。

以土地管理及教育宣導為基礎，同時結合「水安全、水清淨、水育樂、水滲透、水生態、水文化」的六水治理策略，促成「安全、永續、幸福的大河城市」。 串聯流域所轄新北市、臺北市、桃園市、基隆市4縣市協調整治事宜，共同進行污染源管控與水質保護措施之執行。 新店溪消失了28年的和尚魚再度現蹤。 自103年起每月定期召開跨局處新北市流域治理平台會議，由副市長主持，整合府內權責單位共商研議污染源處置方式，積極改善流域水質狀況。